Bár a digitalizáció jelentős előnyökkel jár, nem mentes a kihívásoktól sem, mivel egy több területet érintő, különböző kompetenciákat igénylő folyamatról van szó. A technológiai beruházások gyakran költségesek, az új rendszerek integrációja időigényes lehet. Emellett a vállalatoknak szembe kell néznie az adatbiztonsági kockázatokkal, valamint a digitális kultúra és szemléletmód bevezetésének kihívásaival is.